如何光源例如`源（“myfile.r”）的r降价文件？如何光源例如`源（“myfile.r”）的r降

所以经常在那里我一个主要研发降价文件或knitr乳胶文件source一些其他R档（例如，用于数据处理）。 然而，我在想，在某些情况下，这将是有益的，这些源文件是自己的重现性文件（如，的R降价文件，该文件不仅包括用于数据处理的命令，而且还产生了可重复的文件，说明数据处理决定）。

因此，我希望有这样的命令source('myfile.rmd')在我的主要研发减价文件。 将提取和源极中的R代码块内所有的R代码myfile.rmd 。 当然，这产生了一个错误。

下面的命令作品：

```{r message=FALSE, results='hide'}
knit('myfile.rmd', tangle=TRUE)
source('myfile.R')
```

其中results='hide' ，如果输出被需要，可以省略。 即，从knitr输出的R代码myfile.rmd成myfile.R 。

然而，这似乎并不完美：

• 这将导致创建一个额外的文件
• 它需要如果需要在显示控制出现在它自己的代码块。
• 这不是那么简单，优雅source(...)

因此，我的问题： 是否有采购的R降价文件中的R代码的一个更优雅的方式？

Answer 1:

看来你正在寻找一个班轮。 如何把这个在你的.Rprofile ？

ksource <- function(x, ...) {
  library(knitr)
  source(purl(x, output = tempfile()), ...)
}

不过，我不明白你为什么要source()在RMD代码文件本身。 我的意思是knit()将运行该文件中的所有代码，如果你提取代码，并在一大块运行它，所有的代码都需要进行两次当您运行knit()这个文件（你自己跑自己的内部）。 这两个任务应该是分开的。

如果你真的想运行的所有代码，RStudio使这相当容易： Ctrl + Shift + R 。 它基本上调用purl()和source()幕后。

Answer 2:

出因子共同的代码放到一个单独的R档，然后来源，R档到每个RMD文件要进去。

因此，例如，假设我有两个报告，我需要做，流感爆发和枪VS黄油分析。 当然，我会创建两个RMD文件，并用它做。

现在假定老板走来并希望看到流感爆发的与黄油的价格变化（在控制9毫米弹药）。

• 复制和粘贴代码分析报告，进入新的报告是代码重用，等一个坏主意
• 我希望它看起来美观大方。

我的解决办法是因素的项目到这些文件：

• Flu.Rmd
  • flu_data_import.R
• Guns_N_Butter.Rmd
  • guns_data_import.R
  • butter_data_import.R

每个RMD文件中我有这样的：

```{r include=FALSE}
source('flu_data_import.R')
```

这里的问题是，我们失去的重现性。 我对此的解决方案是创建一个共同的子文档，包括到每个RMD文件。 因此，在我创建的每一个RMD文件的末尾，我补充一点：

```{r autodoc, child='autodoc.Rmd', eval=TRUE}
``` 

而且，当然，autodoc.Rmd：

Source Data & Code
----------------------------
<div id="accordion-start"></div>

```{r sourcedata, echo=FALSE, results='asis', warnings=FALSE}

if(!exists(autodoc.skip.df)) {
  autodoc.skip.df <- list()
}

#Generate the following table:
for (i in ls(.GlobalEnv)) {
  if(!i %in% autodoc.skip.df) {
    itm <- tryCatch(get(i), error=function(e) NA )
    if(typeof(itm)=="list") {
      if(is.data.frame(itm)) {
        cat(sprintf("### %s\n", i))
        print(xtable(itm), type="html", include.rownames=FALSE, html.table.attributes=sprintf("class='exportable' id='%s'", i))
      }
    }
  }
}
```
### Source Code
```{r allsource, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE, cache=FALSE}
fns <- unique(c(compact(llply(.data=llply(.data=ls(all.names=TRUE), .fun=function(x) {a<-get(x); c(normalizePath(getSrcDirectory(a)),getSrcFilename(a))}), .fun=function(x) { if(length(x)>0) { x } } )), llply(names(sourced), function(x) c(normalizePath(dirname(x)), basename(x)))))

for (itm in fns) {
  cat(sprintf("#### %s\n", itm[2]))
  cat("\n```{r eval=FALSE}\n")
  cat(paste(tryCatch(readLines(file.path(itm[1], itm[2])), error=function(e) sprintf("Could not read source file named %s", file.path(itm[1], itm[2]))), sep="\n", collapse="\n"))
  cat("\n```\n")
}
```
<div id="accordion-stop"></div>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/jquery-1.9.1.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r tablesorterinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://tablesorter.com/__jquery.tablesorter.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryuiinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/ui/1.10.2/jquery-ui.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r table2csvinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(file.path(jspath, "table2csv.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
  $(document).ready(function() {
  $('tr').has('th').wrap('<thead></thead>');
  $('table').each(function() { $('thead', this).prependTo(this); } );
  $('table').addClass('tablesorter');$('table').tablesorter();});
  //need to put this before the accordion stuff because the panels being hidden makes table2csv return null data
  $('table.exportable').each(function() {$(this).after('<a download="' + $(this).attr('id') + '.csv" href="data:application/csv;charset=utf-8,'+encodeURIComponent($(this).table2CSV({delivery:'value'}))+'">Download '+$(this).attr('id')+'</a>')});
  $('#accordion-start').nextUntil('#accordion-stop').wrapAll("<div id='accordion'></div>");
  $('#accordion > h3').each(function() { $(this).nextUntil('h3').wrapAll("<div>"); });
  $( '#accordion' ).accordion({ heightStyle: "content", collapsible: true, active: false });
</script>

NB，这是专为RMD - > HTML工作流程。 这将是一个丑陋的烂摊子，如果你用乳胶或其他任何东西去。 该RMD文档看起来通过全球环境的所有源（）“执行的文件，包括在你的文档的末尾它们的来源。 它包括jQuery UI的，的tablesorter，并设置文件为使用手风琴式的显示/隐藏源文件。 它的工作正在进行中，但随时以使其适应自己的用途。

不是一班轮，我知道了。 希望它给你一些想法至少:)

Answer 3:

如果你只是代码后，我认为这些方针的东西应该工作：

1. 阅读与降价/ R文件readLines
2. 使用grep查找代码块，寻找这样开始的行<<<例如
3. 服用含原线对象的子集，仅保留代码
4. 这转储使用临时文件writeLines
5. 源文件到您的R对话

在一个函数封装这应该给你你需要什么。

Answer 4:

也许人们应该开始思考不同。 我的问题是这样的：写的每一个你通常将不得不在一个.R文件.Rmd块码。 而对于使用编织即一个html的文件RMD，你只离开

```{R Chunkname, Chunkoptions}  
source(file.R)  
```

这样，你可能会创建一堆.R文件，你失去处理所有代码“大块大块后”使用CTRL + ALT + n的优势（或+ C，但通常这不工作）。 但是，我读到甘拉德先生的书约重复性的研究和认识，那他肯定使用knitr和.Rmd文件只用于创建HTML文件。 主要分析本身就是一个.R文件。 我认为，如果你开始做里面你的整个分析.Rmd文档快速增长过大。

Answer 5:

下面的技巧为我工作得很好：

library(readr)
library(stringr)
source_rmd <- function(file_path) {
  stopifnot(is.character(file_path) && length(file_path) == 1)
  .tmpfile <- tempfile(fileext = ".R")
  .con <- file(.tmpfile) 
  on.exit(close(.con))
  full_rmd <- read_file(file_path)
  codes <- str_match_all(string = full_rmd, pattern = "```(?s)\\{r[^{}]*\\}\\s*\\n(.*?)```")
  stopifnot(length(codes) == 1 && ncol(codes[[1]]) == 2)
  codes <- paste(codes[[1]][, 2], collapse = "\n")
  writeLines(codes, .con)
  flush(.con)
  cat(sprintf("R code extracted to tempfile: %s\nSourcing tempfile...", .tmpfile))
  source(.tmpfile)
}

Answer 6:

我会建议保持在.R文件主要分析和计算代码，并导入块根据需要.Rmd文件。 我已经解释的过程在这里 。

文章来源: How to source R Markdown file like `source('myfile.r')`?