编写健壮R代码里面：命名空间，掩盖和使用``::操作编写健壮R代码里面：命名空间，掩盖和使用``::

精简版

对于那些不想通过我的“案例”来读取，这是本质：

什么是最小化的新软件包打破现有代码的机会被推荐的方式，即让你写尽可能稳定的代码？
是什么使得命名空间机制时，最好使用的推荐方式
一）只使用贡献包（说的只是一些[R分析项目）？
B）对于开发自己的包？
如何最有效地避免相对于正规课程 （主要是冲突引用类在我的情况），因为竟然没有一个命名空间机制媲美::上课（AFAIU）？

将R宇宙的运作方式

这是什么，一直在我的脑海两年左右的返现唠叨，但我不觉得我已经来到了一个令人满意的解决方案。另外，我觉得它越来越差。

我们看到不断增加的件数CRAN ， github上， R-锻造之类的，这简直是太棒了。

在这样一个分散的环境，这是很自然的代码库，构成了R（让我们说这是基础R和贡献R，为简单起见）从理想的状态偏离相对于稳健性：人们遵循不同的惯例，有S3，S4 ，S4引用类等东西不能作为“对齐”，因为他们将是如果有一个“ 中央结算实例 ”，强迫约定。没关系。

问题

鉴于上述情况，它可以是很难用R编写健壮的代码。不是你需要将在基地R.对于你最终会装载了不少贡献包某些项目的一切。

恕我直言，在这方面最大的问题是命名空间概念放在R来使用的方式，R允许写一个特定的功能/方法的名称，没有明确要求它的命名空间（即foo与namespace::foo ）。

所以为了简单起见，这就是大家都在做。但这样一来，名字冲突，断码而无需重写/重构你的代码只是一个时间问题（或装载不同的包的数量）。

在最好的情况，你就会知道哪些现有功能被屏蔽/由新加入的包超载。在最坏的情况，你会不知道，直到你的代码休息。

一对夫妇的例子：

尝试加载RMySQL和RSQLite在同一时间，他们不走非常好
也RMongo将覆盖的某些功能RMySQL
预测掩盖了很多东西相对于ARIMA相关的功能
R.utils甚至掩盖了base::parse程序

（我不记得这功能特别是造成问题，但我愿意，如果有兴趣再次查找）

出人意料的是，这似乎并没有理会很多程序员在那里。我试图加息几次，在R-devel的，没有显著无济于事。

使用的缺点`::`操作

使用::操作可能显著伤害在某些情况下效率多米尼克Samperi 指出。
当开发你自己的包，你甚至不能使用::操作在整个自己的代码作为你的代码是没有真正的包还没有，因此有还没有命名空间呢。因此，我将不得不开始坚持到foo路，构建，测试，然后回去改变一切namespace::foo 。并不是的。

可能的解决方案，以避免这些问题

重新分配从各包中的每个功能到遵循一定的命名约定的变量，例如namespace..foo为了避免与相关联的低效率namespace::foo （I概述一次这里）。优点：它的工作原理。缺点：它的笨拙和您双击使用的内存。
发展你的包时，模拟一个命名空间。 AFAIU，这是不是真的有可能，至少我被告知所以当时。
强制要求使用namespace::foo 。恕我直言，这将是最好的事情。当然，我们会失去一些扩展简单，但随后再次将R宇宙只是没有简单了（至少它不是在早期的00一样简单）。

而关于（正规）班是什么？

除了上述方面， ::方式工作得很好的函数/方法。但是，我们的类定义？

拿包TIMEDATE与它的类timeDate 。说一个包走来其中也有一类timeDate 。我不明白我怎么能明确指出我想类的新实例timeDate从两个包。

像这样将无法工作：

new(timeDate::timeDate)
new("timeDate::timeDate")
new("timeDate", ns="timeDate")

这可以是一个巨大的问题，因为越来越多的人转而到OOP风格为他们的R程序包，从而导致大量的类定义的。如果有一种方法来明确处理类定义的命名空间，我非常感谢指针！

结论

尽管这是一个有点冗长，我希望我能点出核心问题/问题，我也可以在这里提高大家的认识。

我认为devtools和mvbutils确实有可能是值得推广的一些方法，但我敢肯定有更多的话要说。

Answer 1:

伟大的问题。

验证

编写健壮，稳定，生产就绪R代码里面是很难的。你说：“奇怪的是，这似乎并没有理会很多程序员在那里”。这是因为，至多r程序员不写产品代码。他们本是一次性的学术/科研任务。我会认真质疑声称，R是容易投产任何编码的技能。除了我的岗位上搜索/查找你已经挂机制，我也写了关于危险后警告。建议将有助于降低您的生产代码的复杂性。

提示编写健壮/生产R代码里面

避免使用使用进口depends和青睐套餐包。与塞到进口依赖性的软件包仅完全可以放心使用。如果你绝对必须使用员工所依赖的包，然后通过电子邮件发送你打电话后立即笔者install.packages()

这是我告诉笔者：“嗨作者，我是XYZ包的粉丝，我想提出一个要求你能不能从Depends中移动ABC和DEF对进口产品在未来的更新我不是你的包添加到？。我自己包的进口，直到出现这种情况有R 2.14强制命名空间，每个包，来自R核心的原则是，包应尽量“好公民”如果我有加载A依赖包，它增加了一个显著的负担：我每次我走在一个新的程序包的相关时间来检查是否存在冲突。随着进口，包是免费的副作用。我明白，你可能会被这样破坏其他人的包。我认为它的正确的事情证明进口产品的承诺，并从长远来看，这将有助于人们产生更强大的R代码里面。”

使用importFrom。不要一整包添加到进口，只添加您需要的特定功能。我做到这一点与Roxygen2函数文档和roxygenize（），它自动地产生NAMESPACE文件。通过这种方式，你可以导入具有在冲突并不是你真正需要使用的功能冲突的两个包。这是乏味？只有等到它成为一种习惯。其优点是：可以快速识别所有的第三方依赖。这有助于...
不要盲目的升级软件包。阅读更新行由行，并考虑更新将如何影响你自己的包的稳定性。在大多数情况下，更新不碰你实际使用的功能。
避免S4类。我正在做一些挥手这里。我觉得S4是复杂的，它需要足够的脑力应对搜索上R的功能方面你是否真的需要这些功能OO /查找机制？管理状态=管理的复杂性 - 让使用Python或Java =）
编写单元测试。使用testthat包。
每当你[R CMD建立/测试你的包，解析输出，并查找注意，信息，警告。此外，身体用自己的眼睛进行扫描。还有的创建步骤，指出冲突，但没有附上WARN，等它的一部分。
到第三方软件包的呼叫后立即加入断言和不变量。换句话说，不要完全相信什么别人给你。探测结果一点点， stop()如果结果是出乎意料的。你不必去疯狂 - 挑选意味着有效/高可信度的结果的一个或两个断言。

我想有更多的，但这已经成为肌肉记忆，现在=）如果有更多的涉及到我，我会增加。