R：rJava包安装失败R：rJava包安装失败(R: rJava package install

当安装rJava使用install.packages("rJava")命令，我收到以下错误：

checking Java support in R... present:
interpreter : '/usr/bin/java'
archiver    : '/usr/bin/jar'
compiler    : '/usr/bin/javac'
header prep.: '/usr/bin/javah'
cpp flags   : '-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include -I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../include/linux'
java libs   : '-L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64/server -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/lib/amd64 -L/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.20/jre/../lib/amd64 -L -L/usr/java/packages/lib/amd64 -L/usr/lib64 -L/lib64 -L/lib -L/usr/lib -ljvm'
checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’

我已经安装了Java JDK和java -version返回以下内容：

$ java -version
java version "1.6.0_20"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.6.0_20-b02)

当周围的Googling的错误我看到别人有同样的问题，但没有找到比其他解决方案“安装整个JDK，而不仅仅是JRE”这是我做的事。

我读的另一件事是运行sudo R CMD javareconf它运行很愉快，没有任何错误。

任何想法我的问题是什么？

[编辑]，因为我有这个问题，这是一个几个月。 我最初解决了这个编辑我的Java路径，如我贴在下面的答案说明。 最近，我遇到了一个新的Ubuntu同样的问题安装。 我想德克的建议，使用apt-get安装rJava包。 它完美地工作。 我没有最初欣赏的是，使用的是Ubuntu的apt-get方法不仅仅是加载使用install.packages同一个包（）内根本不同R. Ubuntu的软件包解决一些问题，这是我没有意识到或安装软件包欣赏。

Answer 1:

岂不

apt-get install r-cran-rjava

一直更容易吗？ 你可以问我的用户！ :)

Answer 2:

原来我的问题是我的一个问题JAVA_HOME环境变量。 是的，震撼的，我知道。 我的初始设置PATH和JAVA_HOME是这样的：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

我加/jre所以现在看起来是这样的：

export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-6-sun/jre
export PATH=$PATH:$JAVA_HOME/bin

在Java中一切似乎都没有很好地工作/jre但rJava不会。 奇。

Answer 3:

感谢-你对建议$JAVA_HOME使我类似的解决方案：

prompt$ unset JAVA_HOME

调用之前R.

Answer 4:

我碰到了同样的问题，它下面运行命令后工作。

export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
R CMD javareconf

查看详情在http://www-01.ibm.com/support/knowledgecenter/SSPT3X_3.0.0/com.ibm.swg.im.infosphere.biginsights.install.doc/doc/install_install_r.html

Answer 5:

这为我工作在Ubuntu 12.04和R版本3.0

cd /usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

这是一个具有jni.h目录

接下来，创建一个软链接到其他需要的头文件（我懒得找出如何包括下JAVA_CPPFLAGS选择一个以上的目录）：

sudo ln -s linux/jni_md.h .

最后

sudo R CMD javareconf JAVA_CPPFLAGS=-I/usr/lib/jvm/java-6-sun-1.6.0.26/include

Answer 6:

下面是我在另一篇文章的一个答案- 错误：无法刚才加载安装的软件包
（这也是有关这个问题）

对于Linux（Ubuntu的）用户：如果您有甲骨文的Java（7/8）安装。 这将是在这个位置/usr/lib/jvm和sudo需要访问。

创建文件/etc/ld.so.conf.d/java.conf带有以下各项：

/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64
/usr/lib/jvm/java-8-oracle/jre/lib/amd64/server

（取决于你的Java版本取代Java-8-甲骨文的Java 7甲骨文）

然后：

sudo ldconfig

重新启动RStudio然后安装rJava包。

Answer 7:

上AMD64平台的Gentoo下运行R上。 我升级至R 2.12.0

[R版本2.12.0（2010-10-15）版权所有（C）2010将R基金会统计计算ISBN 3-900051-07-0平台：x86_64的-PC-Linux的GNU（64位）和那些讨厌的消息去了远。

一月的VanderMeer

Answer 8:

我试图安装的OpenJDK-7- *，但仍我不得不安装rJava问题。 原来，在我重新启动我的电脑，再有就是完全没有问题。

所以

sudo apt-get install openjdk-7-*


RESTART after installing java, then try to install package "rJava" in R

Answer 9:

该rJava包将查找/usr/lib/jvm/default-java/文件夹中。 但它不是默认提供。 此文件夹有配置的系统默认的Java一个符号链接。

要激活默认的Java安装以下软件包：

sudo apt-get install default-jre default-jre-headless

测试在Ubuntu 17.04与CRANř3.4.1

Answer 10:

什么工作对我来说是从文件中更改JAVA_HOME /usr/lib/R/etc/javaconf

我先查了一下是我的Java版本启用： sudo update-alternatives --config java 。 就我而言，这是java-8-oracle

我打开文件/usr/lib/R/etc/javaconf和替换default-java通过java-8-oracle ：

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/default-java}

取而代之 ：

${JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-8-oracle}

然后sudo R CMD javareconf

我重新启动RStudio，然后可以安装rJava。

Answer 11:

这就是我如何使其工作：

在Linux操作系统（Ubuntu的16.04）

sudo apt-get install default-jre
sudo apt-get install default-jdk
sudo R CMD javareconf

在R：

install.packages("rJava")

Answer 12:

我做的是在这里：

1. /etc/apt/sources.list中添加：

   DEB http://ftp.de.debian.org/debian SID主

注：rjava应该是最新版本

2运行：sudo易于得到更新sudo易于得到安装上r-cran-rjava

一旦更新旧版本rjava的，则可以安装rhdfs_1.0.8。

Answer 13:

我把它通过下载工作： https://cran.r-project.org/src/contrib/rJava_0.9-8.tar.gz和运行指令R CMD安装rJava_0.9-8.tar.gz

Answer 14:

问题是rJava中不会安装RStudio （ Version 1.0.136 ）。 以下为我工作（ macOS Sierra version 10.12.6 ）（发现这里 ）：

第1步：下载并安装javaforosx.dmg从这里

步骤-2：接着，从内部RStudio运行命令：

install.packages("rJava", type = 'source')

Answer 15:

虽然使用的是Windows 10使用下列程序我已经解决了这个问题，我面临同样的问题

1. 从下载Java https://java.com/en/download/windows-64bit.jsp 64位Windows \安装它
2. 从下载的Java开发工具包https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk8-downloads-2133151.html 64位Windows \安装它
3. 然后右键点击桌面“这台电脑”图标\属性\高级系统设置\高级\环境变量\在系统变量选择路径\单击编辑\点击新建\复制和粘贴路径“C：\ Program Files文件\的Java \ jdk1 .8.0_201 \ BIN”和‘C：\ Program Files文件\的Java \ jre1.8.0_201 \ BIN’（不带引号）\ OK \ OK \ OK

注 ：jdk1.8.0_201和jre1.8.0_201将根据Java开发工具包和Java的版本改变

4. 在环境变量窗口去用户变量用户\单击新建\把变量名称为“JAVA_HOME”和变量值为“C：\ Program Files文件\的Java \ jdk1.8.0_201 \ BIN” \按OK

要检查安装，打开CMD \输入javac \按Enter键，键入java \按回车它会显示

在RStudio运行

Sys.setenv(JAVA_HOME="C:\\Program Files\\Java\\jdk1.8.0_201")

注 ：jdk1.8.0_201将根据Java开发工具包的版本改变

现在你可以安装，没有任何问题加载rJava包。

Answer 16:

我遇到在Ubuntu 16.04类似的问题，并能够通过创建一个名为“默认Java”的文件夹来解决它/usr/lib/jvm和复制到它的所有内容/usr/lib/jvm/java-8-oracle 。 我选择了这种解决方案，修正JAVA_HOME环境变量竟然是没有用的。

文章来源: R: rJava package install failing