我有一个过渡成本矩阵的逻辑问题。 我使用R包占美娜的序列差异性的工作。
我试着给你一个简单的例子（很简单，但我希望有用的解释我的问题）：
有三个序列，我想是计算相似矩阵。 该字母是：H（健康），我（生病在家），IH（生病在医院），d（去世）
我观察3个科目为5层的意见。 这些是序列：
H – H – I – D – D
H – I – I – I – D
I – I – H – IH – IH
置换成本矩阵是4×4表（状态X的状态）。 它必须是对称的？ 这是我的逻辑问题：虽然可以从状态H，I或IH国家而死“过境”，相反是不合逻辑的。
我可以使用占美娜非对称替代成本矩阵？
如果，在我的数据库，置换成本（与计算出的sm = "TRATE"从状态，例如）“I”到“d”是低级（0.5）比从状态“I”到“IH”取代成本（0.6 ）时，OM算法替代的“I”均可进行“d”，而不是“HI”。
在我看来，你正在寻找一个自定义的代价矩阵。 它不是强制使用无论是TRATE或CONSTANT方法。
要创建一个自定义的矩阵你就必须做这样的事情：
myscm <- matrix(c(0,1,2,
1,0,2,
2,2,0), nrow=3, ncol=3)
dist.om <- seqdist(my.seq, method="OM", sm=myscm)
其中myscm是您的自定义矩阵
这是取自http://lists.r-forge.r-project.org/pipermail/traminer-users/2011-July/000075.html
我相信你有两个选择：
1）创建的所有转换的理由，并完全自定义的矩阵
2）获取你已经生成的转换矩阵（使用seqsubm(your.seq, method = "TRATE")和仅更改不一致的值。 这就是我在最后的分析中已经做了。
但请记住，吉尔伯特提出的观点中的“非对称”的成对距离矩阵
该转换率（估计转移概率）不应混淆替换费用。 替代成本应该反映各国之间的不同点。
升学率的基质（由返回seqtrate ）是非对称的。
用于计算的距离，如最佳匹配距离的取代成本，必须是对称的。 否则，结果就不会距离矩阵，并输入这样的非对称矩阵，例如，一个聚类过程会导致意想不到的结果。
从升学率派生替代成本仅仅是一个过几种可能性来定义替换成本。 让$ P（I | j）的$是中转的概率从$ $Ĵ到$ I $，它由在限定的取代成本
$ C（I，J）= 2 - P（I | j）的 - P（j | I）$
