环路来连接多对文件几乎在UNIX同名(Loop to concatenate multiple pa

我有一个很基本的问题，但我不能得到解决。 我有多个文件在同一目录下，我想以连接每对文件。 名称是：

Sample1_R1_L001.fastq Sample1_R2_L001.fastq Sample2_R1_L001.fastq Sample2_R2_L001.fastq Sample3_R1_L001.fastq Sample3_R2_L001.fastq

（等等...）

我想要的结果是通过样品来连接，如猫Sample1_R1_L001.fastq Sample1_R2_L001.fastq> Sample1_concat.fastq

我想这个循环中，发现。 -name “_R _？” |阅读时的文件; 做“$文件” R1 * .fastq “$文件” _R2_L001.fastq> “$文件” _merged.fastq

但没有奏效。 有什么想法吗？

Answer 1:

以下是我想做到这一点：

for i in {1..4}; do echo cat Sample"$i"* > combined_"$i".txt; done

环比的数字，然后建立命令得到实际的文件名肯定是可能的，但与壳牌，我只是做都不可能正常工作，即使这意味着部分暴力破解循环最简单的事情。

更换1..4到任何的限制是和外壳将扩大到这一点对你所有的各种数字。

文章来源: Loop to concatenate multiple pairs of files with almost the same name in UNIX