我需要计算相互信息,因此N个变量的信息熵。
我写的计算某种分布的香农熵的代码。 比方说,我有一个变量x,数字阵列。 继香农熵的定义,我需要计算概率密度函数归一化,所以使用numpy.histogram很容易得到它。
import scipy.integrate as scint
from numpy import*
from scipy import*
def shannon_entropy(a, bins):
p,binedg= histogram(a,bins,normed=True)
p=p/len(p)
x=binedg[:-1]
g=-p*log2(p)
g[isnan(g)]=0.
return scint.simps(g,x=x)
选择插入X,并仔细仓室号此功能工作。
但是,这个功能是非常依赖于仓室号:选择此参数我得到不同的值不同的值。
特别地,如果我的输入值是恒定的数组:
x=[0,0,0,....,0,0,0]
这个变量的熵显然必须是0,但如果我选择等于1仓室号我答对了,如果让我选择我不怪感不同的值(负)的答案..什么,我的感觉是,numpy的.histogram有范= True或密度= True时(如说,在参数官方文档 ),他们应该还给直方图标准化,而且可能我做的那一刻一些错误,我从概率密度函数SWICH(numpy的输出.histogram)到概率质量函数(香农熵的输入),我做的:
p,binedg= histogram(a,bins,normed=True)
p=p/len(p)
我想找到一种方法来解决这些问题,我想有一个有效的方法来计算信息熵独立的仓室号的。
我写了一个函数来计算多个变量的分布的信息熵,但我得到了同样的错误。 该代码是这样的,其中,函数shannon_entropydd的输入是其中在每个位置有每个具有参与的统计计算的变量数组
def intNd(c,axes):
assert len(c.shape) == len(axes)
assert all([c.shape[i] == axes[i].shape[0] for i in range(len(axes))])
if len(axes) == 1:
return scint.simps(c,axes[0])
else:
return intNd(scint.simps(c,axes[-1]),axes[:-1])
def shannon_entropydd(c,bins=30):
hist,ax=histogramdd(c,bins,normed=True)
for i in range(len(ax)):
ax[i]=ax[i][:-1]
p=-hist*log2(hist)
p[isnan(p)]=0
return intNd(p,ax)
我需要这些量,以便能够计算的互信息组特定的变量之间:
M_info(X,Y,Z)= H(X)+ H(Z)+ H(Y) - H(X,Y,Z)
其中H(x)是变量x的香农熵
我必须找到一种方法来计算这些量,所以如果一些人有一种完全不同的代码工作,我可以在上面进行切换,我并不需要修复这些代码,但发现来计算这个统计功能的正道!