睡眠命令扭矩PBS没有找到，但在外壳的作品(sleep command not found in t

我们创建了一个扭矩PBS文件“testpbs”如下：

#!/bin/sh
#PBS -N T1272_flt
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -o /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.out
#PBS -e /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.err  

sleep  20

遂以文件testbps。

的qsub testpbs

我们得到了错误信息：

更testpbs.sh.err
/var/spool/torque/mom_priv/jobs/8.centos64.SC：行9：睡眠：命令未找到

然而，我们在命令行运行的睡眠20。 不会发生错误。

$睡眠20

提前致谢。

我们在外壳跑回声$ PATH，并得到了以下情况：

回声$ PATH
/usr/lib64/qt-3.3/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/sbin:/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/sbin:/bin:/usr/ sbin目录：在/ usr / bin中：在/ usr / X11R6 / bin中：/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9.x86_64/bin：/data/software/cufflinks-2.0.2.Linux_x86_64： /home/amin/bin/blast-2.2.19:/root/bin:/home/amin/bin

我们使用qstat命令-f作业ID审查这项工作的细节。

PBS_O_LOGNAME =阿明，
PBS_O_PATH = /usr/lib64/qt-3.3/bin： 在/ usr / local / sbin中 ： 在/ usr / local / bin目录 ：/ sbin目录：/ bin中 ：/ usr / sbin目录： 在/ usr / bin中 ：/ sbin目录：/ bin中：/ usr / sbin目录：在/ usr / bin中：在/ usr / X11R6 / bin中：/usr/lib/jvm/java-1.7.0-openjdk-1.7.0.9.x86_64/bin：/data/software/cufflinks-2.0.2。 Linux_x86_64：/home/amin/bin/blast-2.2.19：/根/斌：/家庭/爱民/ bin中，
PBS_O_MAIL =的/ var /线轴/邮件/根，
PBS_O_SHELL = /斌/庆典，
PBS_O_LANG =的en_US.UTF-8，
PBS_O_WORKDIR = /数据/软件/扭矩4.2.6.1，
PBS_O_HOST = centos64，
PBS_O_SERVER = centos64

谢谢larsks的很大帮助。 以下工作：

#!/bin/sh
#PBS -N T1272_flt
#PBS -q batch
#PBS -l nodes=1:ppn=1
#PBS -o /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.out
#PBS -e /data/software/torque-4.2.6.1/testpbs.sh.err  

export PATH=$PBS_O_PATH
sleep  20

尝试更换sleep的完整路径的命令（可能/usr/bin/sleep ），看看是否改变的行为。如果是这样，那么你的脚本，当扭矩下运行，只是有不同的（或空） $PATH变量。

您可以（一）继续使用显式路径，或（b）设置$PATH在你的脚本，如明确：