我奋力理解为什么ggplot
和plot
都生产同样的数据略有不同地块。 ggplot
是包括INF值向上顶,而plot
不是。
with(geneFDR, plot(log2(FC), -log10(FDR), pch=20, main="FDR vs. Real FC",
col=geneFDR$FDRColor))
ggplot(data=geneFDR, aes(x=log2(FC), y=-log10(FDR), color=FDRFCthreshold)) +
geom_point(alpha=0.4, size=1.75) +
ggtitle("FDR vs. Real Fold Change") +
xlab("log2 Real Fold Change") + ylab("-log10(FDR)")
INF值的来源:
min(geneFDR$FDR)
[1] 0
max(geneFDR$FDR)
[1] 0.009883703
min(-log10(geneFDR$FDR))
[1] 2.00508
max(-log10(geneFDR$FDR))
[1] Inf
默认是如何plot
函数处理INF值不同于ggplot
?