如何ggplot和情节手柄INF值不同?(How do ggplot and plot handle

2019-09-29 01:13发布

我奋力理解为什么ggplotplot都生产同样的数据略有不同地块。 ggplot是包括INF值向上顶,而plot不是。

with(geneFDR, plot(log2(FC), -log10(FDR), pch=20, main="FDR vs. Real FC",
col=geneFDR$FDRColor))

ggplot(data=geneFDR, aes(x=log2(FC), y=-log10(FDR), color=FDRFCthreshold)) +
  geom_point(alpha=0.4, size=1.75) +
  ggtitle("FDR vs. Real Fold Change") +
  xlab("log2 Real Fold Change") + ylab("-log10(FDR)")

INF值的来源:

min(geneFDR$FDR)
[1] 0
max(geneFDR$FDR)
[1] 0.009883703

min(-log10(geneFDR$FDR))
[1] 2.00508
max(-log10(geneFDR$FDR))
[1] Inf

默认是如何plot函数处理INF值不同于ggplot

Answer 1:

尝试

scale_y_continuous(oob=scales::discard)


文章来源: How do ggplot and plot handle inf values differently?
标签: r plot ggplot2