在f2py的malloc错误(malloc error in f2py)

我试图用f2py在3个维度上运行一个简单的集成问题。

它调用 Fortran代码的Python代码如下：

#!/Library/Frameworks/EPD64.framework/Versions/Current/bin/python
import pymods as modules
import pygauleg as gauleg
import pyint as integrator
import pylab as pl
import sys
import math
import time

############################################
# main routine #############################
############################################
zero = 0.0
one = 1.0
pi = pl.pi

Nr = 10
Nt = 10
Np = 2*Nt
r0 = zero
rf = one
NNang = Nr*Nt*Np

print 'Nr Nt Np = ', Nr, Nt, Np
print 'NNang = ', NNang
print 'r0 rf = ', r0, rf

Nx = int(math.floor( (one*NNang)**(one/3.0) ))
Ny = int(math.floor( (one*NNang)**(one/3.0) ))
Nz = int(math.floor( (one*NNang)**(one/3.0) ))

Nx = int(pl.floor(float(Nx)*1.75))
Ny = int(pl.floor(float(Ny)*1.75))
Nz = int(pl.floor(float(Nz)*1.75))

NNxyz = Nx*Ny*Nz


print 'Nx Ny Nz = ', Nx, Ny, Nz
print 'NNxyz = ', NNxyz
xyz0 = -rf
xyzf = rf

t1 = time.time()
xt = pl.zeros(Nt)
wt = pl.zeros(Nt)
gauleg.gauleg(xt, wt, 0.0, pl.pi, Nt)
print 'outside of gauleg'

虽然FORTRAN子程序是一个有点冗长，它的重要的部分是开始......

  2 subroutine gauleg(x,w,x1,x2,n)
  3 !Input:   x1,x2,n
  4 !Output:  x,w
  5 !implicit none
  6 !integer, parameter :: ikind = selected_int_kind(25)
  7 !integer, parameter :: rkind = selected_real_kind(15, 307)
  8 !
  9 !real(kind = rkind), parameter :: pi = 3.14159265358979323846d00
 10 !real(kind = rkind), parameter :: one = 1.0d00
 11 !real(kind = rkind), parameter :: zero = 0.0d00
 12 use mod_gvars
 13 
 14 real(kind = rkind) :: tol = 1d-15
 15 
 17 integer :: n
 18 !!!!!f2py intent(in) n
 19 real(kind = rkind), dimension(n) :: x
 20 real(kind = rkind), dimension(n) :: w
 22 real :: x1, x2
 23 
 24 real(kind = rkind) :: z1, z, xm, xl, pp, p3, p2, p1;
 25 
 26 integer(kind = ikind) :: m
 27 integer(kind = ikind) :: i,j
 28 integer(kind = ikind) :: countmax, counter, max_counter, min_counter
 29 
 30 integer(kind = ikind) :: tenth, hundredth, thousandth
 31 
 32 print*, 'n = ', n

和结束...

 98 
 99 print*, 'returning'
100 
101 end subroutine

在该子程序（线5 - 11）的顶部的评论是存在于该Fortran模块结构mod_gvars 。好像一切都在按计划进行，直到 * *这个子程序返回去。下面是输出：

Nr Nt Np =  10 10 20
NNang =  2000
r0 rf =  0.0 1.0
Nx Ny Nz =  21 21 21
NNxyz =  1728
 n =           10
 m =  5
 returning
python(14167) malloc: *** error for object 0x1081f77a8: incorrect checksum for freed object - object was probably modified after being freed.
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug
Abort trap

这似乎是唯一的子程序在返回运行到一个问题。为什么会出现这种情况？

这类问题通常发生在Python中的引用计数错误，如果在f2py一个错误，或者如果你用Fortran覆盖更多的内存比在numpy的阵列分配可能发生在例如。所有这些错误如果取消分配在Python一些内存的Fortran子程序退出后只能显示，在随机点，通常。

要调试这个问题，尝试打印所有你进入Fortran语言，那就是阵列，打印阵列X，W，以确保您可以访问所有存储在那里（测试一个f2py使用相同的类型等）。

请确保您使用范围使用Fortran检查（至少-fbounds-check在gfortran，最好是刚-fcheck=all检查所有的问题）。

您也可以运行此下调试器或Valgrind的，它可能会告诉你哪里出了问题。

最后，我个人更喜欢只使用用Cython直接包裹的Fortran。然后，我很容易接触到所有生成的文件我用的是iso_c_binding的Fortran模块，使Fortran编译器检查所有类型Fortran和C（Python）的相互兼容，看到这里的一个例子。