编辑在GGPLOT2，GEOM =“线”(edits in a ggplot2, geom = “l

我在，我一直在努力与医院某些事件的线图。

我还没有解决的挑战是，1）排序上的情节线，从而使患者线通过评估-日期排序，2）着色由变量“OpenCASE中”行，最后，3）我想要删除的放电点（蓝方）对于那些在2014年（或日期的其他一些随机切割）的情况下。

任何帮助，将不胜感激？

这里是我的样本数据，

library(ggplot2)
library(plyr)

df <- data.frame(
 date = seq(Sys.Date(), len= 156, by="5 day")[sample(156, 78)],
 openCase = rep(0:1, 39),
 patients = factor(rep(1:26, 3), labels = LETTERS)
)

df <- ddply(df, "patients", mutate, visit = order(date))
df$visit <- as.factor(df$visit)
levels(df$visit) <- c("Assessment (1)", "Treatment (2)", "Discharge (3)")

qplot(date, patients, data = df, geom = "line") + 
geom_point(aes(colour = visit), size = 2, shape=0)

我知道，我的示例数据并不完美，因为一些评估DATAS的是治疗后，部分排放数据是评估数据之前，但我的基本数据搞砸挑战的一部分。

它看起来像什么的那一刻，

更新2012-04-30 16点30分13秒PDT

我的数据是从数据库中传递，并期待这样的事情，

df <- structure(list(date = structure(c(15965L, 15680L, 16135L, 15730L, 
15920L, 15705L, 16110L, 15530L, 15575L, 15905L, 16140L, 15795L, 
15955L, 15945L, 16205L, 15675L, 15525L, 15830L, 15625L, 15725L, 
15855L, 15840L, 15615L, 15500L, 15780L, 15765L, 15610L, 15690L, 
16080L, 15570L, 15685L, 16175L, 15740L, 15600L, 15985L, 15485L, 
15605L, 16115L, 15535L, 15755L, 16145L, 16040L, 15970L, 16000L, 
16075L, 15995L, 16010L, 15990L, 15665L, 15895L, 15865L, 16120L, 
15880L, 15930L, 16055L, 15820L, 15650L, 16155L, 15700L, 15640L, 
15505L, 15750L, 15800L, 15775L, 15825L, 15635L, 16150L, 15860L, 
16100L, 15475L, 16050L, 15785L, 15495L, 15810L, 15805L, 15490L, 
15460L, 16085L), class = "Date"), openCase = c(0L, 0L, 0L, 1L, 
1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 
0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 
0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 
1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 
0L, 1L, 1L, 1L, 0L, 0L, 0L, 1L, 1L, 1L), patients = structure(c(1L, 
1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 6L, 6L, 
6L, 7L, 7L, 7L, 8L, 8L, 8L, 9L, 9L, 9L, 10L, 10L, 10L, 11L, 11L, 
11L, 12L, 12L, 12L, 13L, 13L, 13L, 14L, 14L, 14L, 15L, 15L, 15L, 
16L, 16L, 16L, 17L, 17L, 17L, 18L, 18L, 18L, 19L, 19L, 19L, 20L, 
20L, 20L, 21L, 21L, 21L, 22L, 22L, 22L, 23L, 23L, 23L, 24L, 24L, 
24L, 25L, 25L, 25L, 26L, 26L, 26L), .Label = c("A", "B", "C", 
"D", "E", "F", "G", "H", "I", "J", "K", "L", "M", "N", "O", "P", 
"Q", "R", "S", "T", "U", "V", "W", "X", "Y", "Z"), class = "factor"), 
    visit = structure(c(2L, 1L, 3L, 3L, 1L, 2L, 2L, 3L, 1L, 3L, 
    1L, 2L, 2L, 1L, 3L, 2L, 1L, 3L, 1L, 2L, 3L, 3L, 2L, 1L, 3L, 
    2L, 1L, 3L, 1L, 2L, 1L, 3L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 1L, 
    3L, 2L, 1L, 2L, 3L, 3L, 1L, 2L, 1L, 3L, 2L, 2L, 3L, 1L, 3L, 
    2L, 1L, 3L, 2L, 1L, 1L, 2L, 3L, 3L, 1L, 2L, 2L, 3L, 1L, 1L, 
    3L, 2L, 1L, 3L, 2L, 2L, 1L, 3L), .Label = c("zym", "xov", "poi"
    ), class = "factor")), .Names = c("date", "openCase", "patients", 
"visit"), row.names = c(NA, -78L), class = "data.frame")

在级别的数量visit ，和具体的标签，将最有可能的变化，所以我想某种代码，我rank或者sort根据我现有的数据，而不是（ visit ）产生新的变数。

Answer 1:

我还是不太明白什么是错的@本的答案，但我会尝试加入我自己的一个。 与开始df在编辑给出。

创建一个新的变量Visit （注意是大写的V）根据给定日期的顺序是评估/治疗/放电。 这是@本的代码，只需重写。

df <- ddply(df, "patients", mutate, 
  Visit = factor(rank(date),
                 levels = 1:3,
                 labels=c("Assessment (1)", "Treatment (2)", "Discharge (3)")))

我不知道如何这涉及到visit原先在数据列; 事实上，原来的visit列没有下文中所使用：

> table(df$Visit, df$visit)

                 zym xov poi
  Assessment (1)  16   7   3
  Treatment (2)    3  16   7
  Discharge (3)    7   3  16

重新排序患者（再次复制本）：

df$patients <- reorder(df$patients,df$date,function(x) min(as.numeric(x)))

确定应显示的点的子集（同样的想法作为本，但不同的代码）

df2 <- df[!((df$Visit == "Discharge (3)") & (df$date > as.Date("2014-01-01"))),]

要添加新的东西，这里是一个方法，使线路不同的颜色，而不会影响传说

ggplot(df, aes(date, patients)) +
    geom_blank() +
    geom_line(data = df[df$openCase == 0,], colour = "black") +
    geom_line(data = df[df$openCase == 1,], colour = "red") +
    geom_point(data = df2, aes(colour = Visit), size = 2, shape = 0)

Answer 2:

这是部分的方法：

从数据的初始定义后开始。

首先，我想你想rank(date) ，而不是order(date) -这对我来说更有意义，反正。

df <- ddply(df, "patients", mutate, visit = rank(date))
df$visit <- as.factor(df$visit)
levels(df$visit) <- c("Assessment (1)", "Treatment (2)", "Discharge (3)")

通过重新排序最小日期值患者（=评估日期）：

df$patients <- reorder(df$patients,df$date,function(x) min(as.numeric(x)))

创建一个新的数据集缺少排放点，在那里他们是2014年1月1日（如果你想放弃对于被给定的日期后评估情况的排放点，你需要使用后ddply ）：

df2 <- subset(df,!(visit=="Discharge (3)" & date > as.Date("2014-01-01")))

作为@Joran指出，上述这是一个有点难以得到不同的变量两个独立的色标，但这个排序的作品（你必须做出openCase成为一个因素，以便将它与色标进行结合visit ）

ggplot(df, aes(date, patients)) + geom_line(aes(colour=factor(openCase))) + 
    geom_point(data=df2,aes(colour = visit), size = 2, shape=0)

或者（我想这是漂亮反正），你可以编写openCase与行类型：

ggplot(df, aes(date, patients)) + geom_line(aes(linetype=factor(openCase))) + 
    geom_point(data=df2,aes(colour = visit), size = 2, shape=0)

文章来源: edits in a ggplot2, geom = “line”