哪个函数式编程语言有生物信息库? [关闭](Which functional programmi

2019-08-17 09:25发布

哪个函数式编程语言有生物信息库,容易获得?

(不包括多范式语言如红宝石 )

更新 :上市,其主要功能编程语言目前不容易接触到的生物信息库,也是可喜的。

Answer 1:

你认为R作为一个功能,而不是多范型的语言?

如果是这样,R具有最大的集生物信息库。 有在CRAN很多模块,但Bioconductor的是你在找什么。 它为活跃的社区和大部分的库已经发表在同行评审期刊。

注意:我认为除了Perl,Python和在C / C ++和Java的一些小的努力,没有其他的编程语言,具有良好的生物信息库的。



Answer 2:

我已经开始了第一次严重BioScala项目,其中包括在./doc教程和设计理念。 而且我使用Scala的在blog.thebird.nl生物信息学解释。 BioScala是一项正在进行的工作。 正如你可以同时使用BioJava和斯卡拉BioRuby - 很快BioLib - 你可以旗开得胜。



Answer 3:

最好的维护,通用,特定于语言的生物信息库由支持开放生物信息学基金会的BioPerl,Biopython,BioJava,BioRuby和BioLib(C ++)。 这些库是太方便了它往往更容易只写一个脚本,在这些语言中的一种,即使你希望采用不同的语言,否则。

安德鲁指出,可以从像斯卡拉或Clojure的一个基于JVM的函数式语言使用BioJava。

BioLib比其他新的,但它的意思与痛饮好工作,所以任何其他语言可以链接它。 Haskell有一个良好的FFI,所以你可以尝试使用它与Biolib NCBI的工具库 - 这些都可能比BioHaskell保持得更好。



Answer 4:

相反,在Haskell写程序是如此方便,它往往更容易提供任何缺少的功能比自己试着去了解别人的晦涩势在必行代码。

虽然埃里克发生问题,我的维护的skillz(嘿,补丁接受了,你懂的),我认为Haskell是生物信息学一个很好的平台,让用户编写简洁和高性能的代码。 对我的作品!



Answer 5:

  • Biohaskell存在: 博客 , 另一个链接
  • 斯卡拉主张提的是,他们可以使用BioJava: Scala的生物信息学


Answer 6:

并一起BioRuby ,你有biogem对于不在的核心软件包bioruby ,让你有足够多的软件包。



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