分发使用LAPACK用Cython基于扩展(Distributing Cython based ex

我正在写一个Python模块，包括用Cython扩展和使用LAPACK （和BLAS ）。 我愿意用任何clapack或lapacke ，或某种f2c或f2py解决方案，如果必要的。 最重要的是，我能够调用lapack和blas从用Cython在没有Python的调用开销紧凑循环程序。

我发现一个例子这里 。 然而，这取决于例如SAGE。 我希望我的模块是安装不安装SAGE，因为我的用户不太可能想要或需要SAGE为别的。 我的用户很可能有像numpy的，SciPy的，熊猫包和scikit学会安装，所以这些将是合理的依赖。 什么是接口使用的最佳组合，并且会是什么最小的setup.py文件看起来像，可以获取必要的信息（从numpy的，SciPy的，等等）进行编译？

编辑：这是我落得这样做。 它适用于我的MacBook，但我不知道它是如何携带。 肯定有更好的办法。

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext
import numpy
from Cython.Build import cythonize
from numpy.distutils.system_info import get_info

# TODO: This cannot be the right way
blas_include = get_info('blas_opt')['extra_compile_args'][1][2:]
includes = [blas_include,numpy.get_include()]

setup(
    cmdclass = {'build_ext': build_ext},
    ext_modules = cythonize([Extension("cylapack", ["cylapack.pyx"],
                                       include_dirs = includes,
                                       libraries=['blas','lapack'])
                   ])
)

这样做是因为，在我的MacBook中， clapack.h头文件在同一目录cblas.h 。 然后我就可以做到这一点，我PYX文件：

ctypedef np.int32_t integer

cdef extern from "cblas.h":
    double cblas_dnrm2(int N,double *X, int incX)
cdef extern from "clapack.h":
    integer dgelsy_(integer *m, integer *n, integer *nrhs, 
    double *a, integer *lda, double *b, integer *ldb, integer *
    jpvt, double *rcond, integer *rank, double *work, integer *
    lwork, integer *info)

Answer 1:

如果我理解正确的问题，你可以做的BLAS和LAPACK例程使用SciPy的的用Cython包装的。 这些包装都记录在这里：

• BLAS
• LAPACK

作为文档状态，你是负责检查你传递给这些功能的任何阵列的Fortran例程正确对齐。 你可以简单地导入，并根据需要在您的.pyx文件中使用这些功能。 例如：

from scipy.linalg.cython_blas cimport dnrm2 
from scipy.linalg.cython_lapack cimport dgelsy 

考虑到这是经过严格测试，广泛使用在不同平台上运行的代码，我认为这是一个很好的候选人可靠地分发用Cython扩展，直接调用BLAS和LAPACK例程。

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如果你不希望你的代码有SciPy的整体上的依赖，你可以找到许多在SciPy的的这些包装功能的相关文件linalg目录在这里 。 一个有用的参考文献是setup.py的这些线 ，其中列出的源和头文件。 请注意，Fortran编译需要！

从理论上讲 ，应该可以只隔离这里的源文件需要编译BLAS和LAPACK用Cython包装，然后捆扎在一起，与你的模块的独立分机。

在实践中，这是非常繁琐的事情。 对于linalg子模块的构建过程需要一些Python的功能，以帮助在不同平台上汇编（例如来自这里 ）。 建筑物还依赖于其它C和Fortran源文件（ 这里 ），其中所述路径是硬编码到这些Python函数。

显然，很多工作已经进入确保正确SciPy的编译在不同的操作系统和架构。

我敢肯定，这是可以做到的，但洗牌的文件约和调整路径之后，我还没有找到从SciPy的其他地区建立独立的子模块linalg这部分的正确途径。 我应该找到正确的方法，我一定会更新这个答案。

文章来源: Distributing Cython based extensions using LAPACK