我有安装Python包的麻烦rpy2 。 我已经编译R作为一个共享库,但我没有管理员权限的,所以我想用安装rpy2:
pip install -user rpy2
不过,我收到以下错误:
./rpy/rinterface/_rinterface.c:86:31:致命错误:的ReadLine / readline.h:没有这样的文件或目录
编译终止。
错误:命令“GCC”失败,退出状态1
我已经下载readline
到:
/some/path/readline-6.2/
在那里我可以看到readline.h
(我还编制readline
以防万一)
我的问题:
我怎样才能让rpy2
(或PIP)知道此位置的readline.h
避免头编译错误?
你需要实际安装的readline,而不是下载它,然后点rpy2
将它与CFLAGS
和LDFLAGS
。
试试这个办法。 这几乎是为我工作 - 我有同样的问题,只是rpy2似乎链接对系R,而不是我的主目录安装额外的皱纹。
首先,我下载的readline到~/src/readline-6.2
,并安装它./configure --prefix=$HOME && make && make install
。 (你需要的地方安装它,而不只是下载源)。
然后我重新编译的R 2与
CPPFLAGS="-I/usr/local/include -I$HOME/include/" \
LDFLAGS="-L/usr/local/lib64 -L/usr/local/lib -L$HOME/lib64 -L$HOME/lib" \
./configure --prefix=$HOME --enable-BLAS-shlib --enable-R-shlib
make
make install
R的肯定现在使用的ReadLine:
$ ldd ~/lib64/R/lib/libR.so | grep readline
libreadline.so.6 => /home/dsutherl/lib/libreadline.so.6 (0x00007f8104207000)
同样对于我的家庭安装Python的(3.2.3,因为h5py不工作3.3还):
CFLAGS="-I/usr/local/include -I$HOME/include/" \
LDFLAGS="-L/usr/local/lib64 -L/usr/local/lib -L$HOME/lib64 -L$HOME/lib" \
./configure --prefix=$HOME
make
make install
然后再次:
$ ldd ~/lib/python3.2/lib-dynload/readline.cpython-32m.so | grep readline
libreadline.so.6 => /home/dsutherl/lib/libreadline.so.6 (0x00007fbfff5c2000)
于是我下载了rpy2源和建立了:
CFLAGS="-I/usr/local/include -I$HOME/include/" \
LDFLAGS="-L/usr/local/lib64 -L/usr/local/lib -L$HOME/lib64 -L$HOME/lib" \
python3 setup.py build --r-home $HOME/lib64/R install
这似乎成功, ldd
荷兰国际集团的.so
S IN site-packages/rpy2
链接到正确的libreadline
......但到系统R
而不是我的,尽管明确--r-home
。
更简单 :
yum install readline-devel.x86_64
CentOS上运行我7
为Debian / Ubuntu的
apt-get install libreadline-dev
有时在Linux需要一个sudo易于得到提升,得到的消息库,可能工作
这是另一种选择,但也需要root privilegies ...命令和apt-get安装libreadline-dev的