一个“非对称”的成对距离矩阵(An “asymmetric” pairwise distance m

假设有三个序列进行比较：A，B，和c。 传统上，将得到的3乘3成对距离矩阵是对称的 ，这表明从A到B的距离等于距离从B到A。

我想知道如果占美娜提供了一些方法来产生一个非对称的成对距离矩阵。

Answer 1:

不，原因在帕特的意见强调占美娜不会产生“不对称” dissimilaries精确。

计算序列之间的两两相异的主要兴趣是，一旦我们有我们可以为例如这样的不同点

• 测量序列之间的差异，确定社区，找到中心点划分，...
• 运行集群算法，自组织映射，MDS，...
• 使序列的ANOVA样分析
• 增长回归树的序列

在这些过程中输入的非对称相似矩阵最有可能会产生不相关的结果。

正是由于这种对称性的要求，即用于计算最优匹配距离的取代成本必须是对称的。 不解释替代成本从一个状态切换到其他成本，而是要理解它是什么，即编辑成本是很重要的。 当比较两个序列，例如aabcc和aadcc ，我们可以使它们或者通过任意地取代等于b与d中的第一个或d与b的第二个。 那就没有意义不给予同样的成本，为两个换人。

希望这可以帮助。

文章来源: An “asymmetric” pairwise distance matrix