在Java的Rcaller调用[R(Calling R in java-Rcaller)

我试图通过使用[R来电者用Java实现，使用R集群。 我想为集群验证运行示例代码和我得到大多数用户所面临的常见错误：文件过早结束

package test;
import rcaller.RCaller;
import java.io.File;
import java.lang.*;
import java.util.*;
import java.awt.image.DataBuffer;

public class test3 {
    public static void main(String[] args) {
        new test3();
    }

    public test3()
    {

        try{

            RCaller caller = new RCaller();
            caller.cleanRCode();

            caller.setRscriptExecutable("C:/Program Files/R/R-2.15.1/bin/x64/Rscript");
            caller.cleanRCode();

            caller.addRCode("library(clvalid)");
            caller.addRCode("data(mouse)");
            caller.addRCode("express <- mouse [,c(M1,M2,M3,NC1,NC2,NC3)]");
            caller.addRCode("rownames (express) <- mouse$ID ");
            caller.addRCode("intern <- clValid(express, 2:6 , clMethods = c( hierarchical,kmeans,diana,clara,model) ,validation = internal)");
            caller.addRCode("b <- summary(intern) ");
            caller.runAndReturnResult("b");
        }

        catch (Exception e){
            e.printStackTrace();
        }
    }
}

Answer 1:

你必须在你的代码一些拼写错误。 像clValid不clvalid，和你错过许多引号，如“分级”，...

我觉得这是更好地把你的代码在一个脚本，这样从Java调用它：

Runtime.getRuntime().exec("Rscript myScript.R"); 

其中myScript.R是：

library(clValid)
data(mouse)
express <- mouse [,c('M1','M2','M3','NC1','NC2','NC3')]
rownames (express) <- mouse$ID 
intern <- clValid(express, 2:6 , clMethods = c( 'hierarchical','kmeans',
                                               'diana','clara','model') ,
                                                validation = 'internal')
b <- summary(intern) 

文章来源: Calling R in java-Rcaller