我已经定义了一个自定义函数,就像这样:
my.fun = function() {
for (i in 1:1000) {
...
for (j in 1:20) {
...
}
}
return(output)
}
它返回一个输出矩阵, output
,由1000行和20列组成。
我需要做的就是重复功能,比如5倍,五个存储output
结果到一个全新的矩阵,说final
,但没有使用其他的for循环 (这对于使代码更清晰,而且还因为在第二那一刻我想尝试并行这些额外的5个重复)。
因此final
应该是一个矩阵具有5000行和20列(这5次重复背后的基本原理是,两个for循环内我使用,其他的功能,其中sample
)。
我试图使用final <- replicate(5, my.fun())
其正确地计算5次重复,但后来我不得不“手动”把元件至全新的5000×20矩阵..有一个更elgant方式这样做呢? (可能使用sapply()
非常感谢
由于是代表你可能有三个维度的数组。 如果你想有一个列表,你会加入简化= FALSE。 试试这个:
do.call( rbind, replicate(5, my.fun(), simplify=FALSE ) )
或者你可以使用aperm
在“最后”仍是一个数组的情况:
fun <- function() matrix(1:10, 2,5)
final <- replicate( 2, fun() )
> final
, , 1
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 3 5 7 9
[2,] 2 4 6 8 10
, , 2
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 3 5 7 9
[2,] 2 4 6 8 10
> t( matrix(aperm(final, c(2,1,3)), 5,4) )
[,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,] 1 3 5 7 9
[2,] 2 4 6 8 10
[3,] 1 3 5 7 9
[4,] 2 4 6 8 10
有可能是更经济的矩阵运算。 我只是还没有发现一个呢。
如果您要更换replicate
与rlply从plyr
包,您可以使用do.call
与rbind
:
library(plyr)
do.call(rbind, rlply(5, my.fun()))
如果你不想依赖plyr
包,你总是可以这样做:
do.call(rbind, lapply(1:5, function(i) my.fun()))
要看你用哪个包并行计算,但这里是我会怎么做(用它藏在一个循环sapply
,就像replicate
)。
library(snowfall)
sfInit(parallel = TRUE, cpus = 4, type = "SOCK")
# sfExport() #export appropriate objects that will be needed inside a function, if applicable
# sfLibrary() #call to any special library
out <- sfSapply(1:5, fun = my.fun, simplify = FALSE)
sfStop()
试试这个:
final <- replicate(5, my.fun(), simplify = "matrix")
你会得到“最终”结果在矩阵的形式。