使用networkx和gexf格式时节点位置(Node location when using ne

2019-08-07 16:13发布

我使用networkx创建一个diGraph的对象,与节点和边(包括几个特点)填充它,然后写我与Gephi可视化gefx文件。

import networkx as nx
dg = nx.DiGraph()
dg.add_node(attribute1, 2, etc...)
dg.add_edge(attribute1, 2, etc...)
nx.write_gexf("output.gexf")

这个过程完美。 现在我需要分配到节点位置。 我已经看到,networkx能以某种方式做到这一点( http://networkx.github.com/documentation/latest/examples/drawing/house_with_colors.html ),也是我知道有对gexf文件即标签( HTTP:// gexf达网络/格式/ viz.html )。 我与节点的名称和它们的坐标字典。 任何想法把所有这些组合起来?

我选择到现在为止是阅读已经产生的gexf文件,查找节点,创造viz:position标签。

然而,这是不是很有效,我想加入的节点时,以某种方式做直接。

Answer 1:

节点数据可以作为一个Python字典为每个节点。 这里是表示GEXF节点即数据是如何存储和操作的例子。

In [1]: import sys

In [2]: import urllib2

In [3]: import networkx as nx

In [4]: data = urllib2.urlopen('http://gexf.net/data/viz.gexf')

In [5]: G = nx.read_gexf(data)

In [6]: print G.node['a']
{'viz': {'color': {'a': 0.6, 'r': 239, 'b': 66, 'g': 173}, 'position': {'y': 40.109245, 'x': 15.783598, 'z': 0.0}, 'size': 2.0375757}, 'label': 'glossy'}

In [7]: G.node['a']['viz']['position']['x']=10

In [8]: G.node['a']['viz']['position']['y']=20

In [9]: print G.node['a']
{'viz': {'color': {'a': 0.6, 'r': 239, 'b': 66, 'g': 173}, 'position': {'y': 20, 'x': 10, 'z': 0.0}, 'size': 2.0375757}, 'label': 'glossy'}

In [10]: nx.write_gexf(G,sys.stdout)
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?><gexf xmlns:ns0="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" version="1.1" xmlns="http://www.gexf.net/1.1draft" xmlns:viz="http://www.gexf.net/1.1draft/viz" xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance">
  <graph defaultedgetype="undirected" mode="static">
    <nodes>
      <node id="a" label="glossy">
        <ns0:color b="66" g="173" r="239" />
        <ns0:size value="2.0375757" />
        <ns0:position x="10" y="20" z="0.0" />
      </node>
    </nodes>
    <edges />
  </graph>
</gexf>


文章来源: Node location when using networkx and gexf format