由R中矢量将每个数据帧的行(Divide each data frame row by vector

2019-08-03 22:26发布

我试图通过为每个列中的特定数目来划分与16列的数据帧中的每个号码。 的数字存储为具有1-16对应于更大的数据样本的数据帧的帧列1-16。 有每列的单个数字,我需要通过每个数字在较大的电子表格来划分并打印输出到最终的电子表格。

下面是与例如什么我开始用的。 该电子表格进行划分。

            X131.478.1 X131.478.2 X131.NSC.1 X131.NSC.2 X166.478.1 X166.478.2
1/2-SBSRNA4          4          2          2          6          7          6
A1BG                93         73         88         86         58         65
A1BG-AS1           123        103         96        128         46         57

这些数字通过划分电子表格

X131.478.1 1.0660880
X131.478.2 0.9104053
X131.NSC.1 0.8642545
X131.NSC.2 0.9611866
X166.478.1 0.9711406
X166.478.2 1.0560121

正如我在这里做了预期的效果,不一定四舍五入。

    X131.478.1 X131.478.2 X131.NSC.1 X131.NSC.2 X166.478.1 X166.478.2
1/2-SBSRNA4          3.75          2.19          2.31          6.24          7.20         5.68
A1BG                87.23         80.17         101.82         89.47         59.72         61.55
A1BG-AS1           115.37        113.13         111.07        133.16         47.36         53.97

我试图简单地将数据帧MX2 = MX / SF与MX为大数据集和SF为数字的数据帧通过来划分。 这似乎在SF数据集的第一个数字来划分的一切。

通过estimateSizeFactors产生了分裂的数字,DESeq包的一部分,如果没有什么帮助。

任何帮助将是巨大的。 谢谢!

Answer 1:

sweep对于这些各种操作有用。 例如,一些在这里我们将每个元件在矩阵的各列的伪数据mat通过在载体中的相应值vec

mat <- matrix(1:25, ncol = 5)
vec <- seq(2, by = 2, length = 5)

sweep(mat, 2, vec, `/`)

在使用中,我们有:

> mat
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    6   11   16   21
[2,]    2    7   12   17   22
[3,]    3    8   13   18   23
[4,]    4    9   14   19   24
[5,]    5   10   15   20   25
> vec
[1]  2  4  6  8 10
> sweep(mat, 2, vec, `/`)
     [,1] [,2]     [,3]  [,4] [,5]
[1,]  0.5 1.50 1.833333 2.000  2.1
[2,]  1.0 1.75 2.000000 2.125  2.2
[3,]  1.5 2.00 2.166667 2.250  2.3
[4,]  2.0 2.25 2.333333 2.375  2.4
[5,]  2.5 2.50 2.500000 2.500  2.5
> mat[,1] / vec[1]
[1] 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5


Answer 2:

只是多种,你也可以使用mapply

mx <- structure(list(X131.478.1 = c(4L, 93L, 123L), X131.478.2 = c(2L, 
73L, 103L), X131.NSC.1 = c(2L, 88L, 96L), X131.NSC.2 = c(6L, 
86L, 128L), X166.478.1 = c(7L, 58L, 46L), X166.478.2 = c(6L, 
65L, 57L)), .Names = c("X131.478.1", "X131.478.2", "X131.NSC.1", 
"X131.NSC.2", "X166.478.1", "X166.478.2"), class = "data.frame", row.names = c("1/2-SBSRNA4", 
"A1BG", "A1BG-AS1"))

sf <- structure(list(V1 = c(1.066088, 0.9104053, 0.8642545, 0.9611866, 
0.9711406, 1.0560121)), .Names = "V1", row.names = c("X131.478.1", 
"X131.478.2", "X131.NSC.1", "X131.NSC.2", "X166.478.1", "X166.478.2"
), class = "data.frame")


mapply(function(x, y) x * y, mx, t(sf))


    X131.478.1 X131.478.2 X131.NSC.1 X131.NSC.2 X166.478.1 X166.478.2
[1,]   4.264352   1.820811   1.728509    5.76712   6.797984   6.336073
[2,]  99.146184  66.459587  76.054396   82.66205  56.326155  68.640787
[3,] 131.128824  93.771746  82.968432  123.03188  44.672468  60.192690

但对于这一点,我觉得Josh的答案是更好的... ...和Gavin的,甚至更好!



Answer 3:

这不过是逐元素的矩阵乘法

mat <- matrix(c(4,2,2,6,7,6, 93,73,88,86,58,65, 123,103,96,128,46,57), nrow=3, byrow=T)

vec = c(1.0660880,0.9104053,0.8642545,0.9611866,0.9711406,1.0560121)

mat %o% 1/vec

           [,1]      [,2]       [,3]       [,4]      [,5]      [,6]
[1,]   3.752035  2.080761   1.876018   6.242284  6.566062  6.242284
[2,] 102.152305 75.169342  96.660246  88.555663 63.707889 66.931606
[3,] 142.319190 97.536761 111.078392 121.210732 53.225063 53.976654

要做到这一点,我们使用了外产品的做法 ,因为直接试图mat %*% 1/vec上给出了一个错误non-conformable arguments ,因为他们有不同的形状。 还是看看在很多帖子https://stackoverflow.com/search?q=%5Br%5D+multiply+matrix+by+vector



Answer 4:

你可以使用transform

mx2 <- transform(mx, 
    X131.478.1=X131.478.1/sf["X131.478.1",1],
    X131.478.2=X131.478.2/sf["X131.478.2",1],
    etc
)

颇有几分与16列式,但它应该工作。



文章来源: Divide each data frame row by vector in R