我是新来的R.我想关于50K项目运行hclust（）。 我有10列，比较和50K行数据。 当我试图分配距离矩阵，我得到：“无法分配5GB的载体”。
是否有大小限制吗？ 如果是这样，我怎么去这样做的东西这么大一个集群？
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我结束了增加max.limit并增加了机器的内存到8GB，并似乎已经固定它。
Answer 1:
经典分级聚类方法是O(n^3)在运行时和O(n^2)在存储器中的复杂性。 所以，是的，他们规模非常糟糕的大型数据集。 显然，任何需要的距离矩阵的物化是在O(n^2)或更差。
请注意，有如早产和CLINK层次聚类的一些特例，在运行O(n^2)并根据实施也可能只需要O(n)内存。
你可能想寻找到更现代的聚类算法。 在运行任何O(n log n)或更好的应为你工作。 有充分的理由不使用层次聚类：通常是噪音（即它并没有真正知道该怎么做的异常值），而敏感，其结果是很难解释的大型数据集（聚类图都不错，但仅适用于小数据集）。
Answer 2:
大小限制是由硬件和软件设置，并且您还没有给予足够的细节多说。 在有足够的资源，一台机器，你就不会收到此错误。 为什么不尝试潜水前的10％的样品放入池中的深水区？ 也许开始：
reduced <- full[ sample(1:nrow(full), nrow(full)/10 ) , ]
文章来源: hclust size limit?
