在Linux上运行批处理模式R：输出问题(Running R in Batch Mode on Li

我是一个Linux集群上运行的R程序，因为它是非常对我的要求处理器。 我的计划是为了输出多（约15），地块为PDF的进入从该程序收集的输入文件夹。

我想我的程序在后台运行，并继续运行，当我退出集群。

首先，我想这一点：

cd /Users/The/Folder/With/My/RScript #changed working directory
nohup ./BatchProgram.R &

然而，这并没有工作，因为它附加输出到一个名为nohup.out ，并没有任何输出的PDF文件，我需要的。

接下来，我想这：

cd /Users/The/Folder/With/My/RScript #changed working directory
R #to run R
source(‘BatchProgram.R’) #to run my program

这给了我所需要的输出，但没有在后台运行的程序（当我退出集群将停止）。

可能有人开导我，我怎么可能会获得我的代码第二块的输出，在后台运行的程序，并使其继续运行我注销了Linux集群的甚至后（如第一个代码块），而？

非常感谢！

Answer 1:

nohup在后台运行一个命令，使得它忽略的信号，告诉它停止（例如，当您注销），输出重定向到文件。 但它必须是一个可执行的命令：你可能有错误消息在nohup.out告诉你， BatchProgram.R无法运行。

下面应该工作：

nohup Rscript ./BatchProgram.R &

Answer 2:

该解决方案进行测试，U可以尝试也使得它的nohup“版本，但究竟会呈现良好适合我。 使得bash脚本（例如run_R.sh）如下：

#!/bin/sh
R CMD BATCH --slave ./_your_R_script_name.R &
exit 0

然后，使其可以运行

chmod +x run_R.sh

并运行文件一样，

./run_R.sh

有时你能得到的只有闪烁的光标（取决于什么Linux发行你的工作），但简单的按“Enter”键继续

文章来源: Running R in Batch Mode on Linux: Output Issues