(此如下GGPLOT2黄土Q为此,我有一个很好的答案) -导致这一情节:
我的[R知识是非常有限的(对不起!)
我用从表中数据1数据绘制散布。
data1<-NaRV.omit(data[,c(2,3,7,10)]) #(2=start, 3=end, 7=value, 10=type)
ylabs='E / A - ratio'
p1<-ggplot(data1, aes(x=start, y=value)) +
ylim(0,5) +
geom_point(shape=points, col=pointcol1, na.rm=T) +
geom_hline(aes(yintercept=1, col=linecol)) +
geom_smooth(method="loess", span=spanv, fullrange=F, se=T, na.rm=T) +
#
xlab(xlabs) +
ylab(ylabs)
一些区域具有无数据(包括一个大的区域在中间,而且较小的离散的区域),其中,我想在y = 0来绘制染色段来说明这一事实
我结合两种数据类型与一个标签列#10 =“类型”一个表(内容散射数据=“CNV”和用于无数据=“NREGION”)。 nregions在值列有0。
我怎么能只拿“CNV”为散布数据,只有“NREGION”数据绘制段; 双方在同一个阴谋?
我发现geom_segment:
+ geom_segment(aes(x=data1$start, y=0, xend=data1$end, yend=0))
但我没有找到一个方法来子集每个ggplot次要情节。
谢谢
#### follow up on @gauden solution嗨@gauden我想你的方法,它部分的工作。 我的问题是,我可以做的好,你不使用] -1分我的数据; 0]因为我nregions分散(由在图片中的蓝色点和线表示)和对于每个新的图不同,因为在此图像中:
因此,黄土像以前那样经过大NREGION。 如何防止在nregions黄土?
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## plot settings (edit below)
spanv<-0.1
pointcol1="#E69F00"
pointcol2="#56B4E9"
pointcol3="#009E73"
points=20
onecol="green"
colnreg="blue"
xlabs=paste(onechr, " position", " (loess-span=", spanv, ")", sep="")
##### end edit ##############
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## using the center coordinate of each segment and points
## prepare plot #1
# plot E / A - ratio
## draw loess average for cnv
## draw line for nregion
ylabs='E / A - ratio'
p1<-ggplot(chrdata, aes(x=start+1000, y=E.R, group=type, label=type)) +
ylim(0,5) +
geom_hline(aes(yintercept=1, col=onecol)) +
geom_point(data = chrdata[chrdata$type != 'nregion',], shape=points, col=pointcol2) +
geom_smooth(data = chrdata[chrdata$type != 'nregion',], method="loess", span=spanv) +
geom_point(data = chrdata[chrdata$type == 'nregion',], col=colnreg) +
geom_segment(data = chrdata[chrdata$type == 'nregion',], aes(x=start, y=E.R, xend=end, yend=E.R), colour=colnreg, linetype=1, size=1) +
xlab(xlabs) +
ylab(ylabs)