R中了解热图树状图集群(Understanding heatmap dendogram cluste

我将不胜感激R上的热图功能的dendograms（COLV，Rowv）的任何信息材料。如簇是如何工作的（是欧氏距离？）。您没有张贴冗长的解释，我就已经很高兴的一些关键字，能够带给我在正确的轨道上，所以我可以做一些网上调查。

下面是从帮助手册，它混淆了我一点点的摘录。什么是“荣幸”的意思是在这种情况下，如何为它重新排序不同？

如果任一Rowv或COLV是树状图，他们很荣幸（而不是重新排序）。

Answer 1:

Rowv和Colv控制你的数据集的行和列是否应该重新排序，如果是如何。

为它们可能的值是TRUE ， NULL ， FALSE ，整数的向量，或树状图对象。

在默认模式TRUE ，heatmap.2执行使用聚类hclustfun和distfun参数。默认为完全连锁聚类，使用欧氏距离度量。然后将树形图是使用行重新排序/列装置。您可以通过指定不同的功能来控制这个hclustfun或distfun 。例如使用曼哈顿距离而不是euclidiean距离，你会怎么做：
```
 heatmap.2(x,...,distfun=function (y) dist(y,method = "manhattan") ) 
```
退房?dist和?hclust 。如果您想了解更多有关群集，你可以用“距离度量”和“集聚方法”启动。
如果Rowv / Colv是NULL或FALSE那么没有重新排序或聚类完成并且基质被绘制为原样。
如果Rowv / Colv是数值向量，则该聚类被计算作为用于TRUE和树形图的重新排序，使用供给到向量做Rowv / Colv 。
如果Rowv / Colv是树形图对象，则该聚类将被用来重新排列矩阵。树形图的对象可以产生，例如，通过：
```
 rowDistance = dist(x, method = "manhattan") rowCluster = hclust(rowDistance, method = "complete") rowDend = as.dendrogram(rowCluster) rowDend = reorder(rowDend, rowMeans(x)) 
```
产生上的曼哈顿距离的完整集群，由行装置排序。现在，您可以通过rowDend到Rowv 。
```
 heatmap.2(x,...,Rowv = rowDend) 
```
这可能是有用的，例如，如果你想集群中不同方式的行和列，或使用集群，别人给了你，或者你想这样做，不能仅通过指定hclustfun和distfun容纳一些时髦。这就是由“树状图很荣幸”的意思是：它是用来代替什么是hclustfun和distfun规定。