在Python读取输入的最快方法(The fastest way to read input in

2019-07-20 14:16发布

我想读一个包含整数列表的列表一个巨大的文本文件。 现在我做了以下内容:

G = []
with open("test.txt", 'r') as f:
    for line in f:
        G.append(list(map(int,line.split())))

然而,它需要大约17秒(通过timeit)。 有什么办法来减少这个时间呢? 也许,有一种方法不使用地图。

Answer 1:

numpy的具有功能loadtxtgenfromtxt ,但也不是特别快。 在一个广泛分布的库最快的文本阅读器是read_csv在功能pandas ( http://pandas.pydata.org/ )。 在我的计算机,读取每行包含两个整数花费约46秒,500万行numpy.loadtxt 26秒numpy.genfromtxt ,并稍微超过1秒钟pandas.read_csv

下面是显示结果的会议。 (这是在Linux,Ubuntu的12.04 64位你不能看到它在这里,但该文件的每次读取后,磁盘缓存是由运行清除。 sync; echo 3 > /proc/sys/vm/drop_caches在一个单独的贝壳。)

In [1]: import pandas as pd

In [2]: %timeit -n1 -r1 loadtxt('junk.dat')
1 loops, best of 1: 46.4 s per loop

In [3]: %timeit -n1 -r1 genfromtxt('junk.dat')
1 loops, best of 1: 26 s per loop

In [4]: %timeit -n1 -r1 pd.read_csv('junk.dat', sep=' ', header=None)
1 loops, best of 1: 1.12 s per loop


Answer 2:

pandas是基于numpyC基于文件分析器这是非常快:

# generate some integer data (5 M rows, two cols) and write it to file
In [24]: data = np.random.randint(1000, size=(5 * 10**6, 2))

In [25]: np.savetxt('testfile.txt', data, delimiter=' ', fmt='%d')

# your way
In [26]: def your_way(filename):
   ...:     G = []
   ...:     with open(filename, 'r') as f:
   ...:         for line in f:
   ...:             G.append(list(map(int, line.split(','))))
   ...:     return G        
   ...: 

In [26]: %timeit your_way('testfile.txt', ' ')
1 loops, best of 3: 16.2 s per loop

In [27]: %timeit pd.read_csv('testfile.txt', delimiter=' ', dtype=int)
1 loops, best of 3: 1.57 s per loop

所以pandas.read_csv大约需要一个半第二读取数据和比你的方法快10倍左右。



Answer 3:

作为一个一般的经验法则(几乎任何语言),使用read() ,以在整个文件中读取的将是比读一行在同一时间更快。 如果你没有通过内存受限,读取整个文件一次,然后将数据分割的换行符,然后通过行列表进行迭代。



Answer 4:

最简单的加速会去PyPy http://pypy.org/

接下来的问题没有看过所有的文件(如果可能)。 相反,像流处理它。



Answer 5:

List内涵往往更快。

G = [[int(item) item in line.split()] for line in f]

除此之外,尝试PyPy以及用Cython与numpy的



Answer 6:

您也可以尝试通过批量插入带来的数据到数据库中,然后用一组操作处理您的记录。 根据你所要做的,这可能是速度更快,因为批量插入软件针对这种类型的任务进行了优化。



文章来源: The fastest way to read input in Python