rpy2安装在Windows 7上(rpy2 install on windows 7)

2019-07-19 21:48发布

我想我的电脑上安装rpy2,但我没能做到这一点。

我下载的源包和我tryed使用命令来安装Rpy2(rpy2-2.3.2) python setup.py install 。 这是结果:

running install
running build
running build_py
running build_ext
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --ldflags
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --cppflags
"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config LAPACK_LIBS

returned an empty string.

"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config BLAS_LIBS

returned an empty string.

Configuration for R as a library:
    include_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include/i386', 'C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include')
    libraries: ('R',)
    library_dirs: ('C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/i386',)
    extra_link_args: ()
   # OSX-specific (included in extra_link_args)
    framework_dirs: ()
    framework: ()
building 'rpy2.rinterface._rinterface' extension
creating build\temp.win32-2.7
creating build\temp.win32-2.7\Release
creating build\temp.win32-2.7\Release\rpy
creating build\temp.win32-2.7\Release\rpy\rinterface
C:\Rtools\gcc-4.6.3\bin\gcc.exe -mcygwin -mdll -O -Wall -DWin32=1 -I.\rpy\rinterface -IC:\Python27\include -IC:\Python27\PC -IC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include/i386 -IC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/include -c .\rpy\rinterface\_interface.c -o build\temp.win32-2.7\Release\.\rpy\rinterface\_rinterface.o
cc1.exe: error: unrecognized command line option '-mcygwin'
error: command 'gcc' failed with exit status 1

我也试图与build installeasy_install没有成功。 我具有R 2.15.2,Python的2.7.2和Windows 7(32位)。

我究竟做错了什么?

PS.if我粘贴命令,结果是:

Cygwin的警告:

MS-DOS style path detected C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\config.sh
Preferred POSIX equivalent is: /cygdrive/c/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/config.sh
CYGWIN environment variable option "nodosfilewarning" turns off this warning.
Consult the user's guide for more details about POSIX paths:
    http://cygwin.com/cygwin-ug-net/using.html#using-pathnames

-LC:/PROGRA~1/R/R-215~1.2/bin/i386 -lR

Answer 1:

好。 根据以往的经验,我发现有没有对如何在Windows上安装rpy2许多指令。 我得到的,它不是官方支持的,但它真的没有那么难。 在几个步骤,我会告诉我做什么,也许别人可以遵循。

这些指令将最有可能只对Python的工作2.7+和R 3.2+但可能对R 3.0+工作。 我把,我已经在我的系统上使用的路径。 确保修改相应的路径:

首先,确保任何先前rpy2安装尝试这些步骤之前被卸载(显然在安装之前具有R 3.2+)。

  1. 从下载.whl文件r2py 这里
  2. 安装使用.whl文件pip install [put .whl filename here]从该文件被下载的目录(命令行)
  3. 追加类似于路径C:\Program Files\R\R-3.2.0\bin到PATH环境变量
  4. 创建R_HOME具有类似于一个值的系统变量: C:\Program Files\R\R-3.2.0
  5. 创建R_USER与您的用户名系统变量
  6. 创建一个R_LIBS_USER与到哪里/将要安装外部R包的文件夹的路径系统变量。

而已。 打开一个命令提示,并输入命令R 这应该启动R对话和显示的版本信息。

现在打开Python和运行这行,看看事情成功的与否:

import rpy2.robjects as robjects 

希望这有助于。



Answer 2:

我刚刚成功地安装在Windows 8.1 64位来自二进制安装rpy2 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#rpy2 。 它通常是很容易只要下载一个二进制,而不是试图在Windows编译包。

此外,你应该设置R_HOME环境变量(在我的情况下, C:\Program Files\R\R-3.1.1 )安装rpy2二进制之前。 否则,你得到RuntimeError: R_HOME not defined. 当您尝试导入rpy2错误。 (感谢R_HOME与rpy2错误 )

最后,请务必使用%load_ext rpy2.ipython代替%load_ext rmagic如果你想在IPython中使用它。 它的一个新的特点在rpy2版本2.4.0。

(感谢IPython的笔记本和rmagic / rpy2:找不到模块ri2py(OSX 10.8.5,蟒2.7,R 3.1) )



Answer 3:

我也普遍没有成功获得Rpy2在Windows上运行。 几个小时从预编译的二进制黑客周围R2.15和Rpy2后2.3.4.win-AMD64-py2.7 ,我跟着这个问题 ,并安装pyper代替。 也许这会为你工作,直到支撑是存在的。 一,我很想看到在Windows和IPython的笔记本(%load_ext rmagic)Rpy2,但我只是不能花更多的时间与它。



Answer 4:

编辑最后我设法得到它的工作! 见下文:

我一直在敲打我的头得到这个工作,还没有完全想通了。 什么我发现是错误

“SH”不被识别为内部或外部命令,可操作的程序或批处理文件

是由缺少MinGW和Rtools的(以及其他类似Unix的帮助程序)引起的。 ( http://sourceforge.net/p/rpy/mailman/message/26549197/ )

我去通过安装过了这个阶段Rtools( http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ )和MinGW( http://sourceforge.net/projects/mingw-w64/ )(但是,由于MinGW的-W64上sourceforge.net项目正在向mingw-w64.org我建议使用mingw-w64.org )

我去通过运行R.exe CMD配置--ldflags错误,但卡住了与

类型错误:类型“NoneType”对象没有LEN()

错误。 我仍然在寻找解决的办法!

希望这可以帮助别人在某些时候。

更新:这样看来,有几个与安装相关的问题。 该setup.py是不是能够找到R的正确版本和编译器有问题。

因此,行事方法:

  1. 请从源代码https://pypi.python.org/pypi/rpy2 。
  2. 更新你的环境变量 - 在用户变量
    • 路径:路径追加到乌尔R安装过程中如:C:\ Program Files文件\ r \ R-3.0.2 \ BIN \ 64
    • R_HOME:与路径为r的新变量:C:\ Program Files文件\ r \ R-3.0.2
    • R_USER:用户的用户名如约翰
  3. 安装Rtools( http://cran.r-project.org/bin/windows/Rtools/ )和MinGW( http://mingw-w64.org )
  4. 围绕线123之前

    返回self._version我添加self._version = [3,0],迫使版本为3.0(可以是某人可以解决这个更好)

  5. 在文件unixccompiler.py无论是在python27 / lib中/的distutils或在我的情况下,C:\用户(USER_NAME)\应用程序数据\本地\连续\蟒蛇\ LIB \ distutils的注释行227

编译= os.path.basename(sysconfig.get_config_var( “CC”))以#(#compiler = os.path.basename(sysconfig.get_config_var( “CC”)))

并添加行

编译= 'GCC'

一些其他的事情 - 使用命令提示符CMD安装。 使用

蟒蛇setup.py构建安装

安装Rtools和MinGW接受所有的默认值。 在Rtools选择

额外建立64位R

编辑系统PATH

而已!! 得到它的工作..

希望这可以帮助!!



Answer 5:

安装脚本setup.py告诉的问题是满足运行时

"C:\PROGRA~1\R\R-215~1.2\bin\R" CMD config --ldflags

打开一个终端,粘贴命令,检查错误是什么。

当你与输出编辑的问题,这个问题似乎是,运行命令从一个子进程,而python setup.py install运行从终端的命令时,同时返回一个空字符串有一个输出。 我也从Cygwin的是所涉及的终端输出读数。 可能这是什么问题?



Answer 6:

我不知道是否有人还在下面的讨论,但在任何情况下,我在试图让rpy2工作的目的是这样一来就能得到它在我的IPython笔记本电脑工作。 如果其他人试图做同样的,我会建议使用其顺利安装一个蛋糕(以及自制的蛋糕)IRkernel。 下面是完成它的资源。 我已经用它和它的作品就像一个魅力。

基本上你需要运行的是这样的:

install.packages(c('rzmq','repr','IRkernel','IRdisplay'),repos = c('http://irkernel.github.io/', getOption('repos')))

IRkernel::installspec()

这里有资源,如果您发现任何的烦恼:

https://github.com/IRkernel/IRkernel

http://blog.revolutionanalytics.com/2015/09/using-r-with-jupyter-notebooks.html

http://www.michaelpacer.com/maths/r-kernel-for-ipython-notebook

HTH



Answer 7:

按照上面的答案,这是我的工作是什么

系统:赢7-64,Python的3.6,

1.安装R和你需要的软件包

2.设置R_HOMER_USER ,如环境变量

R_HOME = D:\Program Files\R\R-3.4.1
R_USER = Administrator 

的用户名可通过获得echo %username%在CMD

3.下载rpy2并安装它

从下载rpy2 http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/

检查其路径,并在CMD像安装pip install rpy2-2.8.6-cp36-cp36m-win_amd64.whl

4.创建一个笔记本,看看它的工作原理

import rpy2.robjects as robjects

# test : evaluating R code
robjects.r('''
        # create a function `f`
        f <- function(r, verbose=FALSE) {
            if (verbose) {
                cat("I am calling f().\n")
            }
            2 * pi * r
        }
        # call the function `f` with argument value 3
        f(3)
        ''')


Answer 8:

在蟒蛇,您可以安装使用:

conda install --channel https://conda.anaconda.org/Richarizardd rpy2

Alternativey,可以尝试:

conda install -c r rpy2 

你也可以参考:

https://github.com/conda-forge/rpy2-feedstock


Answer 9:

看看这个安装文档我对这个问题做。 https://www.academia.edu/12178754/rpy2Install

这是具体到ArcGIS设置,但很快端口目录



文章来源: rpy2 install on windows 7