从纯素包GGPLOT2创建绘图ordiellipse功能到NMDS情节(Plotting ordie

而不是正常的绘图功能我在用的ggplot2创建NMDS地块。我想在使用该函数的曲线图NMDS显示组ordiellipse()从所述vegan包。

实施例的数据：

library(vegan)
library(ggplot2)
data(dune)
# calculate distance for NMDS
sol <- metaMDS(dune)
# Create meta data for grouping
MyMeta = data.frame(
  sites = c(2,13,4,16,6,1,8,5,17,15,10,11,9,18,3,20,14,19,12,7),
  amt = c("hi", "hi", "hi", "md", "lo", "hi", "hi", "lo", "md", "md", "lo", 
          "lo", "hi", "lo", "hi", "md", "md", "lo", "hi", "lo"),
  row.names = "sites")
# plot NMDS using basic plot function and color points by "amt" from MyMeta
plot(sol$points, col = MyMeta$amt)
# draw dispersion ellipses around data points
ordiellipse(sol, MyMeta$amt, display = "sites", kind = "sd", label = T)

# same in ggplot2
NMDS = data.frame(MDS1 = sol$points[,1], MDS2 = sol$points[,2])
ggplot(data = NMDS, aes(MDS1, MDS2)) + 
  geom_point(aes(data = MyMeta, color = MyMeta$amt))

我如何添加ordiellipse与创建的NMDS情节ggplot2 ？

下面Didzis Elferts'回答的伟大工程。谢谢！不过，我现在在绘制以下ordiellipse与创建的NMDS情节感兴趣ggplot2 ：

ordiellipse(sol, MyMeta$amt, display = "sites", kind = "se", conf = 0.95, label = T)

不幸的是，我没有足够的了解的如何veganCovEllipse功能的工作原理，以便能够调整脚本自己。

首先，我添加栏目组到您的NMDS数据帧。

  NMDS = data.frame(MDS1 = sol$points[,1], MDS2 = sol$points[,2],group=MyMeta$amt)

第二个数据帧包含平均MDS1和MDS2值为每个组，它将被用来显示在地块组名称

  NMDS.mean=aggregate(NMDS[,1:2],list(group=group),mean)

数据帧df_ell中包含的值，以显示椭圆。据计算与功能veganCovEllipse被隐藏在vegan包。该函数被施加到NMDS（组）的每个电平，它也使用函数cov.wt来计算协方差矩阵。

  veganCovEllipse<-function (cov, center = c(0, 0), scale = 1, npoints = 100) 
  {
    theta <- (0:npoints) * 2 * pi/npoints
    Circle <- cbind(cos(theta), sin(theta))
    t(center + scale * t(Circle %*% chol(cov)))
  }

  df_ell <- data.frame()
  for(g in levels(NMDS$group)){
    df_ell <- rbind(df_ell, cbind(as.data.frame(with(NMDS[NMDS$group==g,],
                    veganCovEllipse(cov.wt(cbind(MDS1,MDS2),wt=rep(1/length(MDS1),length(MDS1)))$cov,center=c(mean(MDS1),mean(MDS2)))))
                    ,group=g))
  }

现在省略号来绘出功能geom_path()和annotate()用来绘制组名。

  ggplot(data = NMDS, aes(MDS1, MDS2)) + geom_point(aes(color = group)) +
    geom_path(data=df_ell, aes(x=MDS1, y=MDS2,colour=group), size=1, linetype=2)+
    annotate("text",x=NMDS.mean$MDS1,y=NMDS.mean$MDS2,label=NMDS.mean$group)

思路椭圆作图从另一个计算器采用的问题。

UPDATE - 解决方案，在这两种情况下工作

首先，使与组列NMDS数据帧。

NMDS = data.frame(MDS1 = sol$points[,1], MDS2 = sol$points[,2],group=MyMeta$amt)

接着，保存功能的结果ordiellipse()作为一些对象。

ord<-ordiellipse(sol, MyMeta$amt, display = "sites", 
                   kind = "se", conf = 0.95, label = T)

数据帧df_ell包含的值来显示椭圆。它与功能的重新计算veganCovEllipse这是隐藏在vegan包。该函数被施加到NMDS（组）的每个电平，现在，它使用存储在参数ord对象- cov ， center和scale每个级别。

df_ell <- data.frame()
for(g in levels(NMDS$group)){
  df_ell <- rbind(df_ell, cbind(as.data.frame(with(NMDS[NMDS$group==g,],
                  veganCovEllipse(ord[[g]]$cov,ord[[g]]$center,ord[[g]]$scale)))
                                ,group=g))
}

绘制完成相同的方式，在前面的例子。至于用于省略号对象坐标计算ordiellipse()时，这种解决方案将与您提供此功能不同的参数运行。

ggplot(data = NMDS, aes(MDS1, MDS2)) + geom_point(aes(color = group)) +
  geom_path(data=df_ell, aes(x=NMDS1, y=NMDS2,colour=group), size=1, linetype=2)