MPI_reduce()与含有动态分配的一阳自定义数据类型:分段故障(MPI_reduce() wi

2019-07-03 22:25发布

我不知道为什么MPI_Reduce()一旦做了分段错误,因为我使用自定义的数据类型的MPI包含动态分配数组。 有人知道吗 ? 下面的代码崩溃与2个处理器,所述MPI_Reduce()内。 但是如果我删除成员双* d INT的MyType并改变运营商和相应的MPI型程序,还原没有任何问题做。

有没有使用动态分配数组或一个问题是有什么根本性的错误我做什么:

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <mpi.h>



typedef struct mytype_s
{
    int c[2];
    double a;
    double b;
    double *d;
} MyType;



void CreateMyTypeMPI(MyType *mt, MPI_Datatype *MyTypeMPI)
{
    int block_lengths[4];                        // # of elt. in each block
    MPI_Aint displacements[4];                   // displac.
    MPI_Datatype typelist[4];                    // list of types
    MPI_Aint start_address, address;            // use for calculating displac.
    MPI_Datatype myType;

    block_lengths[0] = 2;
    block_lengths[1] = 1;
    block_lengths[2] = 1;
    block_lengths[3] = 10;

    typelist[0] = MPI_INT;
    typelist[1] = MPI_DOUBLE;
    typelist[2] = MPI_DOUBLE;
    typelist[3] = MPI_DOUBLE;

    displacements[0] = 0;

    MPI_Address(&mt->c, &start_address);
    MPI_Address(&mt->a, &address);
    displacements[1] = address - start_address;

    MPI_Address(&mt->b,&address);
    displacements[2] = address-start_address;

    MPI_Address(&mt->d, &address);
    displacements[3] = address-start_address;

    MPI_Type_struct(4,block_lengths, displacements,typelist,MyTypeMPI);
    MPI_Type_commit(MyTypeMPI);
}




void MyTypeOp(MyType *in, MyType *out, int *len, MPI_Datatype *typeptr)
{
    int i;
    int j;

    for (i=0; i < *len; i++)
    {
        out[i].a += in[i].a;
        out[i].b += in[i].b;
        out[i].c[0] += in[i].c[0];
        out[i].c[1] += in[i].c[1];

        for (j=0; j<10; j++)
        {
            out[i].d[j] += in[i].d[j];
        }
    }
}




int main(int argc, char **argv)
{
    MyType mt;
    MyType mt2;
    MPI_Datatype MyTypeMPI;
    MPI_Op MyOp;
    int rank;
    int i;

    MPI_Init(&argc,&argv);
    MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD,&rank);


    mt.a = 2;
    mt.b = 4;
    mt.c[0] = 6;
    mt.c[1] = 8;
    mt.d = calloc(10,sizeof *mt.d);
    for (i=0; i<10; i++) mt.d[i] = 2.1;

    mt2.a = 0;
    mt2.b = 0;
    mt2.c[0] = mt2.c[1] = 0;
    mt2.d = calloc(10,sizeof *mt2.d);


    CreateMyTypeMPI(&mt, &MyTypeMPI);
    MPI_Op_create((MPI_User_function *) MyTypeOp,1,&MyOp);

    if(rank==0) printf("type and operator are created now\n");

    MPI_Reduce(&mt,&mt2,1,MyTypeMPI,MyOp,0,MPI_COMM_WORLD);

    if(rank==0)
    {




        for (i=0; i<10; i++) printf("%f ",mt2.d[i]);
        printf("\n");
    }

    free(mt.d);
    free(mt2.d);
    MPI_Finalize();

    return 0;
}

Answer 1:

让我们来看看你的结构:

typedef struct mytype_s
{
    int c[2];
    double a;
    double b;
    double *d;
} MyType;

...

MyType mt;
mt.d = calloc(10,sizeof *mt.d);

和你的描述结构作为一个MPI类型:

displacements[0] = 0;

MPI_Address(&mt->c, &start_address);
MPI_Address(&mt->a, &address);
displacements[1] = address - start_address;

MPI_Address(&mt->b,&address);
displacements[2] = address-start_address;

MPI_Address(&mt->d, &address);
displacements[3] = address-start_address;

MPI_Type_struct(4,block_lengths, displacements,typelist,MyTypeMPI);

问题是,这MPI结构只是以往任何时候都适用于您在定义中使用此结构的一个实例。 你必须在所有的地方没有控制calloc()决定从抢内存; 它可能是在虚拟内存中的任何地方。 这些类型的创建和实例化的下一个,为您的位移d阵列将是完全不同的; 甚至使用相同的结构,如果你改变了阵列的与大小realloc()当前的mt ,它可能最终具有不同的位移。

所以,当你发送,接收,减少,或其他任何与这些类型之一,MPI库将尽职尽责地去可能毫无意义的位移,并尝试读取或从那里写,这很可能会导致一个段错误。

请注意,这不是一个MPI的事情; 在使用任何低级别通信库,或为此事努力写出/从磁盘读取,你有同样的问题。

您的选择包括手动“编组”阵列到消息,或者与其他字段或无; 或者通过定义它增加了一些可预测到其中d位于例如是一些定义的最大尺寸的阵列。



文章来源: MPI_reduce() with custom Datatype containing dynamically allocated arays : segmentation fault